MES系統與ERP系統是企業信息管理系統中重要的組成部分，二者看似有著非常相似的地方，但在管理目標、管理功能、管理范圍、管控周期、實現方式和工作方式上存在著差異，具體如下：

1.ERP系統的重點在于財務，重點從對財務的管理角度進行出發來對制造企業的資源和人力進行管控。MES系統的重點主要在于對制造企業的生產，主要以保證產品質量、準時的交貨、設備利用、流程的控制等環節作為財務管理的重點和目標。

2.ERP系統在制造流程調度管理方面的功能主要表現就是及時編制生產調度計劃，收集生產數據。MES系統除了進一步細化生產計劃和及時收集生產數據外，還有對現場生產工藝流程控制和現場調度的工藝流程管理的功能。

3.ERP主要使用生產人員的兩種方法來填寫表格和轉移表格。同時，訂單管理和制造完成任務通過填寫表格來執行。還傳遞現場訂單和制造數據。填寫表格以完成數據收集。因此，MES系統可以大大減少大量的數據輸入和工作量，減少錯誤，大大提高效率。

4.ERP的實時表單管理方式不可避免的至少有一個實時錄入的工作周期，因為在上級生產計劃和調度上至少會有兩個實時錄入周期的工作滯后，對于管理崗位制造現場工作周期短的中小型生產單位來說可能會對其造成很大的影響。MES系統現場的實時管理，現場的上級對生產計劃和對生產調度信息能實時反映在管理崗位制造現場的監督作業管理界面，使得及時的調度工作成為了可能。

5.ERP的現場管理方式，是將一個制造現場和一個生產計劃管理部門的接口通過信息現場管理系統來進行連接。但是使用MES系統后，工作現場的生產管理指令下達和生產現場數據的收集都實際上是通過現場信息系統來直接實現的。